近年来土壤污染事件频发，土壤污染会影响农产品的产量和品质、危害人居环境安全、威胁生态环境安全。土壤污染问题已经成为继大气污染、水污染之后引起全社会高度关注、急需解决的重大环境问题。有数据显示，我国受盐渍化影响的耕地约占全国耕地总面积的8.5%，而酸性土壤的比例则高达25%。此外，水、土、气是个循环系统，水体和空气污染物大约有80%最终进入土壤。在刚刚落下帷幕的两会中，土壤污染防治成为热门话题，土壤污染防治立法也在有序推进。
土壤污染的污染源多种多样，可能是未经处理或未达排放标准的工业废水、固体废弃物，也可能是使土壤酸化的以自然降水的形式进入土壤的酸雨，更可能的是化肥和农药的过量和不当使用。
按照“一控两减三基本”的要求，深入开展化肥使用量零增长行动。有机肥以原料来源广，数量大，养分全，改土培肥效果好而得到大力推广，农业废弃物、工业废弃物、生活垃圾、城市污泥、禽畜粪便这些都能拿来做有机肥原料。但是因行业标准的不完善、产品质量参差不齐、现有技术难以对原料无害化处理等问题，有机肥对土壤也存在巨大的害处和隐患，迫使有机肥成为土壤污染的又一污染源。
1.禽畜粪便。其中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫及抗生素，未腐熟有机物料会导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害。
2.城市淤泥。含有大量的化学物质残留，有内在水份比例高很难脱水，成份非常复杂、有害物质含量高、有一定的粘性等特殊性，有可能附着在土壤中，被作物吸收。
3.城市生活垃圾。病菌、病毒、害虫等的滋生地和繁殖地，会破坏了土壤的结构和理化性质，使土壤保肥、保水能力大大下降。
4.工业固体废物。特别是有害固体废物，能杀灭土壤中的微生物，是土壤丧失腐解能力，导致草木不生，严重者会破坏土壤内的生态平衡。
目前有机肥存在着极大的污染土壤的风险。随着土壤污染防治立法进程加快，会从法律层面倒逼企业进行生产技术改进，完善有机肥相关行业标准，严格把控产品质量，促进有机肥行业规范化发展。